پس از گذشت 3 سال از انتخابات 22 خرداد 88 و حوادث پس از آن پرداختن به ماهیت و زوایای مختلف این فتنه محل کنکاش و تدقیق بیشتری دارد.یکی از زوایای مغفول حوادث انتخابات بررسی شخصیتی است که در ایجاد و هدایت بحران ها سبقه ی تاریخی دارد.
بی شک یکی از عناصر دخیل و اصلی در حوادث انتخابات سال 88 موسوی خوئینی هاست. شخصی که در بسیاری از بحران سازی های پس از انقلاب حضوری فعال و هدایت گر داشته است. از مواردی که وی نقش مستقیمی در آن حوادث داشته است می توان به بحران تسخیر سفارت آمریکا بدون جلب نظر حضرت امام که البته با درایت ایشان به فرصتی برای نظام مبدل شد ، بی سرانجام گذاشتن پرونده ی انفجار دفتر نخست وزیری و آزادی متهامان پرونده مانند بهذاد نبوی و ... ، ماجرای تیر 78 وحوادث پس از آن و مهمتر از همه انتخابات 88 و فتنه پس از آن اشاره کرد.پس از جدایی برخی از چهره های جوان جامعه روحانیت و شکل گیری مجمع روحانیون مبارز جامعه کاملا به سوی فضای دو قطبی شدن سوق پیدا نمود.با این شرایط و پس از عزل منتظری از قائم مقامی رهبری ، یکی از برنامه ها و شاید به تعبیر مناسب تر آرزوهای جریان چپ به رهبری مجمع روحانیون مبارز ، انتخاب جانشین حضرت امام از میان اعضای این مجمع بوده است. چهره های شاخص و مطرح و به نوعی شاید کاندیدای مجمع روحانیون با توجه به جایگاه موسوی خوئینی ها در مجمع کسی جز وی نبوده است. این مسئله از آنجا مورد تایید بیشتر واقع می شود که بدانیم موسوی خوئینی ها در اجلاس خبرگان رهبری جهت معرفی جانشینی حضرت امام از معدود کسانی بوده که رای منفی به رهبری حضرت آقا داده است. این ماجرا به نوعی آغاز تقابل مستقیم موسوی خوئینی ها با نظام و رهبری تلقی می شود.پس از معرفی مقام معظم رهبری نیز هیچ گاه همراهی و تبعیت از فرامین ایشان نیز از سوی وی  مشاهده نشده است. و در مقابل هرجا تقابل و رویارویی با نظام و رهبری بوده، این فرد به نوعی در ماجرا دخیل بوده و نقش هدایتگری جریان عناد و دشمنی را به دست گرفته است. نگاهی به حوادث مربوط به سال 78 به وضوح از نقش مستقیم و هدایتگر وی در جریانات شوم آن روزها حکایت دارد که پرداختن به آن خود مجال ویژه ای می طلبد.در تمام حوادث مورد اشاره موسوی خویینی ها با سازماندهی نیروها خود در پس پرده فعالیت می نمود واز این رو پدر معنوی جریان نفاق شاید بهترین لقب برای این شخص باشد. یکی از بزرگترین دستاوردهای نظام در حوادث مربوط به انتخابات 88 افتادن پرده از چهره اشخاص و جریان هایی بود که دائما در حال سنگ اندازی در مسیر نظام و دشمنی با آن بوده اند. شناخت عناصر زاویه دار با نظام و شناساندن آن به مردم فرصت ویژه ای برای نظام در پاکسازی و خالص سازی آن فراهم نمود که شاید با هیچ حادثه ای این امر حاصل نمیشد.موسوی خوئینی ها هم از جمله کسانی بود که با فرض اینکه قطعا نظام در مواجهه با جریان انتخابات یارای مقابله ندارد تمام قد و اینبار آشکار تر  به نقش آفرینی ، منسجم نمودن نیروها و جهت دهی به آنان پرداخت و کینه عمیق خود را نسبت به ولایت فقیه آشکار نمود. این حوادث و اتفافات موجب به معرفی کامل این شخص و جریانات همسو برای مردم فراهم نمود و به تعبیر حضرت آقا فضای سیاسی کشور را تا حد زیادی از لوث وجود میکروبهای سیاسی پاک نمود.